Sejarah perkembangan kopi di Indonesia tidak dapat dilepaskan dari masa penjajahan Belanda. Pemerintah Belanda pada awalnya menanam kopi di daerah sekitar Batavia(Jakarta), Sukabumi, Bogor, dan akhirnya menyebar ke berbagai daerah seperti Jawa timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, Sumatra, Sulawesi. Sekitar abad ke-20, semua perkebunan kopi di Indonesia terserang hama yang mengakibatkan musnahnya hampir semua tanaman kopi. Untuk menanggulangi masalah tersebut, akhirnya pemerintah Belanda mencoba menanam kopi Liberika. Akan tetapi, varietas ini ternyata tidak begitu populer dan pada akhirnya juga terserang hama. Saat ini, kopi Liberika masih dapat ditemui di pulau Jawa, meskipun jarang ditanam sebagai bahan produksi komersial.

        Bencana alam, perang Dunia II ,dan perjuangan kemerdekaan, semuanya mempunyai peranan penting bagi perkembangan kopi di Indonesia. Awal abad ke-20 perkebunan kopi berada di bawah kontrol pemerintahan Belanda. Di bawah pemerintahan Belanda ini Infrastruktur dikembangkan untuk mempermudah perdagangan kopi. Sebelum Perang Dunia II, di Jawa Tengah terdapat jalur rel kereta api yang digunakan untuk mengangkut kopi, gula, merica, teh dan tembakau menuju Semarang untuk kemudian diangkut dengan kapal laut. Kopi yang ditanam di Jawa Tengah umumnya adalah kopi Arabika. Kopi Arabika juga banyak diproduksi di kebun – kebun seperti (Kayumas, Blawan, Kalisat/Jampit) di Bondowoso, Jawa Timur. Sedangkan kopi robusta banyak diproduksi di Jawa Timur seperti Ngrangkah Pawon (Kediri), Bangelan (Malang), Malangsari, Kaliselogiri (Banyuwangi). Sedangkan di daerah pegunungan dari Jember hingga Banyuwangi terdapat banyak perkebunan kopi Arabika dan Robusta.

      Setelah kemerdekaan banyak perkebunan kopi yang diambil alih oleh pemerintah yang baru atau ditinggalkan. Saat ini sekitar 92% produksi kopi berada di bawah petani-petani kecil atau koperasi.